懷孕母犬的用藥主要顧慮是害怕藥物對胚胎和胎兒造成不良影響。目前已知在妊娠期，絕大多數抗生素對胚胎及胎兒均有不良影響，因此請記住。
1．整個妊娠期禁用的抗生素：
鏈黴素、慶大黴素、卡那黴素、新黴素、萬古黴素等，對胎兒的耳產生毒性作用。多粘菌素、黏桿菌素等，對腎臟和神經系統有毒性作用，並能通過胎盤影響胎兒。四環素能影響骨骼生長發育，在妊娠晚期大劑量使用四環素可引起肝臟脂肪變性和造成孕犬死亡。
兩性黴素Ｂ、灰黃黴素等，對神經系統、血液、肝臟和腎臟有較大的毒性。灰黃黴素對胎兒有致畸作用，也可能引起流產。氯黴素、利福平、乙胺嘧啶可致胎兒尿道和耳道畸形、耳聾、肢體畸形、腦積水、死胎及新生兒死亡。磺胺藥可致新生兒黃疸及溶血性貧血，呋喃旦啶可致新生兒溶血。 
2.可以考慮使用的抗生素：
青黴素類、頭孢菌素類、紅黴素和潔黴素，這四類抗生素在妊娠期使用，數據顯示對胎兒一般不會引起不良反應。不過，在使用時也需要權衡利弊，全面考慮，謹遵獸醫醫囑。
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